Durante gli ultimi giorni della Repubblica, il Guerre stellari all'universo è stato inferto un duro colpo al lato chiaro della Forza. Con un rapido comando, l'Imperatore Palpatine attivò l'Ordine 66. Il protocollo fu impiantato tramite chip in ogni soldato dell'esercito dei cloni e, una volta attivato, costrinse i soldati a giustiziare tutti i Jedi nelle loro vicinanze. La Grande Epurazione Jedi mise a tacere un enorme numero di Jedi e, con la loro morte, pose fine a tutte le missioni e ai misteri che erano ancora da completare.
Di tutti i Jedi caduti in quel fatidico giorno, nessuno sembrava così brutale come la morte di Aayla Secura sul vibrante pianeta di Felucia. Star Wars Episodio III: La vendetta dei Sith mostra la giovane Twi'lek che viene uccisa dal suo battaglione di cloni. Purtroppo, quando è caduta, è stata distratta da un uccello e incapace di reagire. Tuttavia, lo sparo indugia ancora per qualche secondo e mostra i cloni che continuano a sparare sul suo corpo inerte. Molte domande sono sorte dalla sua terribile scomparsa mentre i fan cercano di capire perché i cloni sembravano così a sangue freddo nei suoi confronti.
Proprio come il suo maestro, Quinlan Vos, Secura ha scelto di percorrere la sua strada seguendo l'Ordine Jedi. Ciò è stato dimostrato dalla scelta dell'abbigliamento e dal modo in cui brandiva la sua spada laser con una presa inversa. Secura si preoccupava profondamente per il suo padrone, che era straordinariamente forte nella Forza. Molti teorici credono che fosse anche immensamente potente nella Forza. Se così fosse, la ragione per cui i cloni l'hanno sparata potrebbe essere stata quella di assicurarsi che non si alzasse per infliggere danni enormi con le sue abilità.
La maggior parte delle avventure di Secura non la mostrano usare alcuna forza immensa nella Forza durante le Guerre dei Cloni. Anche così, è del tutto possibile che le sue capacità non si fossero ancora manifestate completamente. In alternativa, la sua forza avrebbe potuto essere incanalata attraverso la sua abilità di combattimento che utilizzava il combattimento con la spada laser Forma IV e Forma V e includeva un'abbondanza di acrobazie e mosse offensive a grande velocità.
Un'altra teoria che è stata presentata è fortemente legata alla relazione di Secura con il suo battaglione clone. A causa dei molti anni trascorsi dai Jedi con i loro clone trooper, si formarono molti legami tra i due gruppi. Alcuni dei migliori esempi includono il capitano Rex e Ahsoka Tano o il comandante Cody e Obi-Wan Kenobi. Con quella logica, i cloni potrebbero aver continuamente sparato su Secura perché ricordavano la storia che condividevano con lei e volevano assicurarsi che la sua morte fosse rapida e indolore. Se fosse vero, ciò renderebbe il loro atto finale come soldati clone uno dei più misericordiosi dell'Epurazione.
Aayla Secura era uno dei Jedi più compassionevoli dell'ordine. Per questo motivo, la sua fine violenta è stata considerata una delle più brutali della Grande Purga Jedi. La morte di Secura rappresenta anche la rapida e chirurgica devastazione che l'Imperatore si era prefisso di ottenere. Ci vuole molto per uccidere un Jedi, e anche Anakin Skywalker in La minaccia del Fantasma non credevo fosse possibile sconfiggerli tutti. Tuttavia, l'Imperatore gli dimostrò che si sbagliava spazzando via quasi tutti in un colpo solo.
La morte di quasi tutti i Jedi arrivò rapidamente e violentemente. Durante l'evento, alcuni degli ultimi sentimenti provati dagli utenti della Forza sopravvissuti sono stati il tradimento e il dolore. Anche la morte di Secura ha raggiunto Yoda, che all'epoca si trovava su un pianeta completamente diverso. Il motivo esatto per cui i cloni hanno sparato così tante volte su Secura rimane un mistero. Tuttavia, quel mistero ha permesso ai fan di riunirsi, ancora una volta, per speculare sui molti altri misteri dell'universo di Star Wars.
