Il Assassin's Creed Il franchise ha sempre raccontato la sua storia dal punto di vista dell'Ordine degli Assassini. Con l'Ordine dei Templari che difende la pace attraverso la rimozione del libero arbitrio, è sempre stato chiaro chi ha ragione. Tuttavia, c'è un titolo che ha mostrato la prospettiva dell'Ordine dei Templari e come un voltagabbana abbia quasi distrutto la Confraternita coloniale degli Assassini.
Assassin's Creed Rogue introdusse un giovane assassino di nome Shay Patrick Cormac, che era un membro della Fratellanza americana poco prima della Guerra dei Sette Anni. Lui e il suo amico Liam O'Brien avevano il compito di dare la caccia ai manufatti che l'Ordine credeva fossero legati ai Frutti dell'Eden. Questi esistevano molto prima della nascita del Credo e detenevano un potere così grande che, se i Templari ne avessero ottenuto il controllo, avrebbero potuto schiavizzare tutta l'umanità.
La coppia è stata in grado di individuare un manufatto in un antico tempio sotto Lisbona. Tuttavia, Shay la prese ha innescato un terremoto che ha ucciso e bloccato migliaia di persone. Questa esperienza lo portò a credere che agli Assassini non interessassero gli innocenti, vedendoli ora come l'opposto degli eroi che lui pensava fossero. Shay ha voltato le spalle all'Ordine, mettendo a rischio la sua vita mentre i suoi associati gli davano la caccia. Alla fine trovò la strada per il Rito Coloniale dell'Ordine dei Templari, e da lì, si schierò con il nemico giurato dell'Assassino e giurò di impedire ai suoi vecchi compagni di trovare un altro tempio.
Durante la Guerra dei Sette Anni, Shay diede la caccia ai suoi vecchi compagni di assassini con il Gran Maestro dei Templari, Haytham Kenway. Haytham era il figlio dell'assassino pirata Edward Kenway, ma fu cresciuto per seguire i Templari. Nel corso degli anni, Haytham e Shay guadagnarono una solida posizione nelle Colonie e vinsero la Guerra dei Sette Anni per i Templari. Ha anche eliminato alcuni dei membri più potenti della Confraternita coloniale.
Il culmine di Assassin's Creed Rogue vide Shay uccidere il suo vecchio amico Liam e Haytham, paralizzando il loro capo, Achilles Davenport. Per sette anni, gli Assassini furono disorganizzati e senza leadership poiché Shay e i Templari controllavano le colonie dall'ombra. Non sarebbero passati altri sette anni prima che il figlio di Haytham, Connor, arrivasse e continuasse da dove Achille si era interrotto, eliminando la minaccia dei Templari in America e aiutando la vittoria del paese contro la corona britannica durante uno dei conflitti più importanti della storia, la Rivoluzione americana.
Cormac ha continuato a lavorare con l'Ordine dei Templari, alla ricerca di antichi manufatti che li avrebbero aiutati a ottenere un vantaggio contro gli Assassini. Mentre Connor continuava a liberare le Colonie, Shay era a Parigi, incaricato di uccidere un Assassino che conteneva una scatola sacra che poteva svelare antichi segreti ed esisteva fin dall'assassino cinese Shao Jun. L'assassino che ha ucciso era il padre di Arno Dorian, un assassino che avrebbe aiutato a liberare Parigi in Assassin's Creed Unity . Anche se Shay Cormac non ha distrutto completamente la Confraternita americana degli Assassini, ha mostrato quanto velocemente potrebbero crollare quando uno di loro cambia schieramento.
